Однажды человечество оказалось на грани гибели из-за злого учёного Докора Хелла и его подпольной империи. Кодзи Кабуто, его суперробот Мадзингер Зэд и их друзья из лаборатории фотонной энергии положили конец разрушительным амбициям Доктора и вернули человечеству мир.
Прошло 10 лет. Кодзи пошёл по стопам своего отца и дедушки и стал учёным. В процессе работы он сталкивается с неизвестной доселе формой жизни, захороненной глубоко под горой Фудзи. Новая встреча, новая угроза и новая судьба ждут человечество, будущее которого вновь доверено Мадзингеру Зэд.