Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам.
Участие в миссии по спасению человеческой расы от ее полного истребления приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.