Но вот на горизонте появляется новая проблема – Нагиса забеременела, и Томоя сталкивается с необходимостью принять ответственность за свою семью. В это же время в жизни главного героя появляется старый друг, который просит его помощи. Томоя не может отказать, но это решение ставит под угрозу его семейное счастье. Все это приводит к серии забавных и трогательных событий, которые заставляют героев переосмыслить свои отношения и ценности. «Кланнад: Продолжение истории» – это комедийная история о любви, дружбе и семейных ценностях, которая заставляет задуматься о том, что важно в жизни на самом деле.